Η Χολοπαγκρεατική εκτροπή κατατάσσεται στις δυσαπορροφητικού τύπου επεμβάσεις, είναι ουσιαστικά μια παράκαμψη, όπου οι τροφές κατευθύνονται από το στομάχι στον τελικό ειλεό, σε ένα σημείο όπου φτάνουν και τα χολοπαγκρεατικά υγρά (απαραίτητα για την πέψη των τροφών), απο διαφορετική οδό. Χειρουργικά, υπάρχουν διάφορες τεχνικές χολοπαγκρεατικής εκτροπής, οι πιο διαδεδομένες όμως είναι η επέμβαση τύπου Scopinaro και το Duodenal switch.
Η επέμβαση αυτή έχει τα καλύτερα αποτελέσματα τόσο σε ποσοστά απώλειας βάρους, όσο και στη ρύθμιση του διαβήτη τύπου 2 και υψηλά ποσοστά θεραπείας ή βελτίωσης και για τις περισσότερες από τις συνοδές παθήσεις της παχυσαρκίας (σύνδρομο υπνικής άπνοιας, σύνδρομο υποαερισμού, υπέρταση, υπερχοληστερολαιμία, υπερτριγλυκεριδαιμία κλπ.).
Ωστόσο, η Χολοπαγρεατική εκτροπή παρουσιάζει κάποιες σημαντικές παρενέργειες. Μια από αυτές είναι οι διάρροιες σε περίπτωση κατανάλωσης λιπαρών τροφών, οι οποίες δεν μπορούν να απορροφηθούν καθόλου από το λεπτό έντερο. Επίσης απαιτεί συχνή κλινική και εργαστηριακή ιατρική παρακολούθηση, προς αποφυγή μεταβολικών διαταραχών.